Die Multiplex-PCR ist eine Anwendungsform der diagnostischen PCR. Ursprünglich wurde die PCR vor allem für die Amplifizierung (Vervielfältigung) von DNA zur Sequenzierung (Bestimmung der Basenabfolge) der amplifizierten DNA eingesetzt. Durch den Fortschritt der Sequenzierungsprojekte wurde es möglich, die PCR als diagnostische Methode zu benutzen. 
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In einer Multiplex-PCR werden die einzelnen PCR-Verfahren nicht mehr in getrennten PCR-Reaktionen verwirklicht, sondern alle zusammen in einer PCR-Reaktion. Damit wird der Aufwand für die Bestimmung der Ursache der Krankheit, vor allem die Kosten und die Zeit, verringert. Eine Multiplex-PCR ist also ein PCR-Ansatz mit dem Potential zum Nachweis von mehr als einem Genomabschnitt. Die Entwicklung einer Multiplex-PCR ist mit einem erhöhten Aufwand verbunden.
https://de.m.wikipedia.org/wiki/Multiplex-PCR